病毒性脑炎后遗症主要表现有：语言表达能力下降严重者不能说话、视神经不正常、耳朵听不到外界声音、癫痫等神经系统损害、流涎等自主神经功能失调。
细菌性脑膜炎严重后遗症包括：意识障碍、双侧听力丧失、运动障碍、癫痫、视力障碍、脑积水；较轻后遗症，包括行为问题、学习困难、单侧听力丧失、肌张力减低、复视。