巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，性交疼痛也是一个明显的信号,可能还伴有点状出血,卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。
不孕及月经失调,在不孕的女性中,子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例.手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题。