常见的男科疾病主要有前列腺精囊疾病，如前列腺的肿瘤，前列腺炎，前列腺增生，精囊炎，前列腺精囊结核。尿道的疾病，如尿道畸形，尿道肿瘤，尿道的炎症以及各种尿道损伤，还有尿道结石及尿道异物。
阴茎的疾病，如阴茎的畸形，包皮过长，包茎，阴茎癌，包皮龟头炎以及各种性传播疾病，淋病，尖锐湿疣，生殖器疱疹等。睾丸的疾病，无睾症，多睾症，睾丸肿瘤，附睾炎等。