理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的几率，癌变率极低，不超过5%。
比如有的病人囊肿很早就发现了，几十年前有了，但是在某一天囊肿突然增大了，考虑做手术的时候就会发现巧克力囊肿已经变成卵巢的透明细胞癌了。
所以发现卵巢囊肿，当囊肿超过5cm以上必须及时手术，不能长在体内。