巧克力囊肿是卵巢囊肿的另一种，因为它的囊肿液是棕色的，所以被称为巧克力囊肿。CA125是一种“肿瘤”抗原。最初发现它可以用于卵巢癌的诊断，但后来人们发现，在“巧克力囊肿”和盆腔结核的病例中，会有不同程度的增加。
目前，妇科医生往往用它来判断卵巢癌的治疗效果，因此b超对卵巢癌的检查也会被误诊为熟练的囊肿。