儿童自闭症的原因多表现为:遗传的因素:五分之一的自闭症者,他的家族可找到有智能不足,语言发展迟滞和类似自闭症的.此外,自闭症(孤独症)男童中约十各种有一个是有染色体脆弱症.新陈代谢疾病:如苯酮尿症等先天的新陈代谢障碍,造成儿童脑细胞的功能失调和障碍,会影响儿童脑神经讯息传递的功能,而造成自闭症.此外怀孕期间的病毒感染:妇女怀孕期间可能因麻疹或流行性感冒病毒感染,使胎儿的脑部发育受损伤从而导致自闭症.脑伤:包括在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成胎儿大脑发育不全,生产过程中早产,难产,新生儿脑伤,以及婴儿其因感染脑炎,脑膜炎等疾病造成脑部伤害等因素,都可能增加自闭症机会。