甲状腺囊性结节通常不需要特别治疗，根据甲状腺超声来帮助诊断甲状腺结节，评估甲状腺结节的恶性风险。如果甲状腺结节是低回声、微钙化、纵横比＞1、形态不规则或者边界不规则，往往意味着甲状腺结节恶性风险比较高，有可能进一步通过在超声引导下细针穿刺，进一步进行细胞学检查。
对于甲状腺囊性结节是甲状腺良性的病变，通常并不需要手术治疗，但是要进行甲状腺功能的评估。如果有甲亢或甲减，需要对功能异常进行治疗。
如果甲状腺囊性结节比较大，压迫了周围的组织，出现了声音嘶哑、吞咽困难、呼吸困难，需要在外科医生指导下进行外科治疗，但是绝大部分囊性结节不需要特别的积极治疗。