较为严重的菌血症的预后取决于两个决定因素:首先取决于迅速而彻底的查明感染源;第二是取决于原有的疾病及其伴随的功能障碍等情况.创伤性内置物,特别是静脉内和尿路内插管应迅速清除.在获取革兰氏染色和细菌培养等化验标本后,应立即按经验给予抗生素治疗.某些病例(如内脏破裂,子宫肌层炎伴脓肿,肠或胆囊坏疽)必须手术治疗,大的脓肿必须切开引流,坏死组织应清除.因肺,胆道或尿路感染而使菌血症持续不退者,若无梗阻及脓肿形成,一般用抗生素治疗通常可获成功.若为多器官衰竭,常发现有多种细菌(多菌种性菌血症)则预后不佳.延误抗生素治疗或外科治疗者,死亡率明显增加。