软疣的最佳治疗方法要根据发病的时间和病症的严重性来确定。传染性软疣，一般只需要积极的刮疣治疗就可以，如果出现了复发，需要及时的用同样的办法进行治疗，反复多次即可完全治疗好。
也可以使用冷冻治疗和激光治疗或者是电离子治疗。如果是发生面积比较大的皮肤感染，可以适当的采用免疫调节剂来进行治疗，比如可以注射抗激素类药物，也可以口服抗消炎类的药物。