卵巢囊肿要根据它是功能性的，还是肿瘤性的进行不同的治疗。功能性的卵巢囊肿一般通过一两个月经周期，会慢慢自己萎缩，消失。
这样的可以观察，不需要治疗。对于子宫内膜异位囊肿，可以通过根据患者的症状，以及一些不孕或者是一些生育的需求选择药物或者是手术治疗，对于直径大于五厘米的卵巢的肿瘤性囊肿，要对患者进行手术治疗。