怀孕5周有褐色分泌物是不正常的表现，需要及时到医院做相关检查。出现褐色分泌物的原因，主要包括先兆流产或者是宫外孕。
有部分孕妇在怀孕期间孕酮数值过低，有可能会导致机体出现先兆流产的问题，从而出现了阴道分泌出褐色的分泌物。也有些人因为宫外孕破裂出现了这种情况，同时会伴随下腹部疼痛的症状。
怀孕5周的时候，也可以通过B超检查来确诊是否是宫内怀孕。如果属于先兆流产，孕妇应当适当休息，减少活动，对于孕激素不足的孕妇可以给予孕激素治疗，进行保胎。
如果属于宫外孕破裂，应该及时进行手术，避免引发更加严重的危害。但服用药物或者是手术治疗都需要遵循医嘱，并且定期复诊。