孕酮低是指孕激素低，怀孕后孕酮较低与多种因素有关。卵巢功能异常、黄体功能不足时，容易导致孕酮分泌量降低，在孕初期孕酮分泌不足，有可能会引起先兆流产。
其次胚胎质量发育不良时，也会影响孕酮的分泌量。在怀孕前或者怀孕后出现甲状腺功能低下、肾上腺功能异常等疾病时，也会影响孕酮的正常分泌，导致孕酮的分泌量减少。
再者发生宫外孕时孕酮的数值也会偏低。