月经周期与自慰之间没有直接的联系。体内性激素代谢，有条不紊地操纵着卵巢的功能和子宫内膜的变化。但是长期经期容易导致子宫内膜炎、盆腔炎等各种感染性疾病，月经期的生殖系统处于充血的状态，容易被病原体侵入感染。
在自慰的时候，随着手指或者其他器具进入阴道内，一般都会同时将病原菌带入到生殖系统，引起感染。