卵巢性不孕的原因主要是由于卵巢疾病所导致的，比如多囊卵巢、卵巢肿瘤、卵巢早衰、幼稚型卵巢、卵巢经过放疗或化疗后等，都会导致不孕症；
此外，一些代谢性疾病也会导致卵巢性不孕，比如糖尿病、甲亢、甲减、肾上腺功能紊乱等；另外重度的营养不良也会影响卵巢的功能而导致不孕；
垂体的肿瘤、垂体的瘢痕也会引起卵巢功能失调进而导致不孕。