尿道结核是泌尿生殖器结核的一部分，首先应当处理肾结核、前列腺结核和附睾结核。先采用药物治疗，待结核治愈后，再行尿道的扩张。
如狭窄局限可行手术治疗，将狭窄的瘢痕切除对端吻合或于尿道窥视下行尿道的内切开术。如果膀胱壁面严重，膀胱挛缩导致了对侧肾积水，则应该做肾造瘘的引流，待尿道结核治愈后再进行处理，治疗有困难的患者需要做尿流改道的手术。