脑动脉瘤夹闭术没有人能保证百分百成功，有失败的可能，常见并发症有基底节缺血性梗死，因豆纹动脉损伤引起。神经功能障碍。
大脑中动脉瘤破裂并发脑内血肿较多。手术中易伤及重要功能区的供血动脉，故手术后引起运动功能障碍者达10.9%，有脑内血肿后并发癫痫发作者达23%，总的并发症发生率达到存活病人的13.7%～36.1%。
大脑中动脉瘤因无瘤颈而难以夹闭，故夹闭不完全或只能用包裹法处理者也相应较多，因而手术后的再出血率也较高，具体费用因人因病情因地区和医院而异。
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