短效避孕药常见的副作用有恶心、呕吐，而且不同的药物发生率是不同的，可以与食物同服或者是睡前服药，可以减少恶心呕吐的发生。
由于短效避孕药是一种激素类的药物，可能会发生不规则的子宫出血，有一些女性在用药以后还会出现阴道的出血，一般是不需要处理的，症状会慢慢的消失。
另外短效避孕药会产生月经的改变，可能会使月经提前或者是推迟。另外还会出现乳房的胀痛或者头晕、头痛、乏力，这些症状一般都是比较轻微的，持续时间不超过24小时。