甲硝唑可以用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等，目前还广泛用于厌氧性感染的治疗。这种药物有强大杀灭滴虫的作用，甲确唑对厌氧微生物有杀灭作用，它在人体中还原时生成的代谢物也具有抗厌氧菌的作用。
另外，还可以用于治疗肠道和肠外阿米巴病，比如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等。