吃木瓜的禁忌是寒性体质的人，体质虚弱的人，有胃寒的人也不宜吃，因为这些人吃了木瓜后可能会引起腹胀，腹泻等症状。木瓜不能与海鲜一起食用，会导致腹痛头昏，引起食物中毒。
也不能与南瓜一起食用，会降低营养价值。另外，有些人可能会对木瓜中的某些成分过敏，在吃了木瓜之后可能会引起过敏性反应，而且，木瓜中含有小量的毒性成分，所以在食用木瓜的时候，吃的量不能太多。
对于孕妇来说，是绝对不能吃木瓜的。木瓜性寒，有体质虚弱，胃肠疾病的人要谨慎食用木瓜。