脑干血栓的治疗方法有以下几种：
1、出现昏迷的患者要及时吸痰，保持呼吸道的通畅防止吸入性肺炎，定期翻身以免出现压疮。
2、如果患者出现发烧且合并肺部感染者，可以使用抗生素进行治疗。
3、主要以改善脑的血循环的药物为主，如酶类药物溶解血栓以及利尿剂及自由基清除剂防止脑水肿。
4、手术治疗如脑室减压引流术、紧急血管内手术。
5、发病的急性期可使用高压氧治疗，给予患者充足的氧分防止大脑缺氧。
6、卧床静养加强护理必要时给予低流量吸氧，保证水和营养成分的充足。 建议进一步去医院做详细检查，明确具体病因后在医生指导下对症治疗。