引起婴幼儿呕吐的原因主要是肠道功能紊乱、肠道菌群失调以及肠道感染、颅内压增高等。需要警惕肠道感染，尤其是细菌感染以及病毒感染等，一般会出现腹泻、腹胀等症状。
其中最常见的原因主要是肠道功能紊乱，比如：饮食不当，肠道外疾病等都可能会导致肠道功能紊乱，从而出现呕吐的症状，一般有其他系统症状出现，尤其是见于呼吸系统疾病。