贲门失弛缓症的病因可能是与神经肌肉功能障碍有关。根据病因将贲门失弛缓症分为原发性和继发性贲门失弛缓症。原发性贲门失弛缓症是指各种原因导致食管失去正常的蠕动能力，使食管下的括约肌和贲门不能正常松弛，导致大量的食物滞留在食管内；
继发性贲门失弛缓症病因相对比较明确，多继发于肺癌、肝癌、胃癌、食管癌等。