先天性巨结肠术后两年多了反复腹泻建议到医院复诊，明确腹泻原因，制定相应治疗方案。比如小肠结肠炎引起的腹泻，建议进行回流洗肠治疗。
如果是食物或者药物过敏所导致，一般建议筛查过敏原，然后避免使用过敏药物或者食物。如果是手术完之后，肠道出现细菌或者病毒感染，可以进行抗感染治疗。
建议在医生指导下治疗。