肝门部胆管癌手术后的预后相对不太理想偏差，是因为分化程度低，而且能达到R0切除的几率相对偏低，是因为位置所做决定，因为肝门部胆管癌上下不到3cm的距离，所以要按照肿瘤根治的标准，肿瘤应该是上方切到1.5cm，下方要切到1.5-2cm，如果是Ⅲ型高位胆管癌能做半肝切除，而且有些患者即便是Ⅲ型高位胆管癌，做了半肝切除也达不到根治，因为有血管侵犯也有的有各种各样的原因。
比如胆管侵犯、血管侵犯，还有肝脏局部受侵犯，这些达不到根治，所以肝门部胆管癌基本整体预后没有中位和低位的效果好，也没有肝癌效果好。