肝囊肿的病因有，先天性原因：主要在于发育异常，可能和胚胎时期肝内胆管和淋巴管发育障碍相关，建议采取定期复查的方法，不需要特殊的治疗，以免引起更加严重的并发症。
后天性原因：和肝脏外伤、寄生虫感染、肝胆管结石以及炎性病变相关，建议在医师的指导下口服熊去氧胆酸药物治疗，对药物过敏者禁用。
也可能是因为患有炎症性肝囊肿导致的，主要是肝内胆管的炎症或结石导致胆管狭窄，形成的潴留性囊肿，较少见，建议患者去医院进行检查，结合囊肿大小以及临床症状，在医生的指导下采取相对应的治疗方案。