溃疡性结肠炎与细菌性痢疾、阿米巴性肠炎、克罗恩病、结肠癌、肠易激综合症等疾病相混淆。细菌性痢疾可以引起发热、腹痛、脓血便等临床症状，大便培养可找到痢疾杆菌就可以确诊。
克罗恩病在肠镜检查中可以发现铺路石样改变。结肠癌也可以引起大便次数增多、脓血便等症状，但肠镜活检可以确诊。建议患者及时进行大便常规、大便培养、肠镜、肛门指检等相关的检查，确诊后及时治疗。