贲门溃疡有良性溃疡和恶性溃疡，一般来说，恶性溃疡都比较严重，有些良性溃疡的患者治疗起来也比较麻烦。如果胃镜检查发现有贲门溃疡，一般都要进行活检、病理学检查，明确诊断。
常见的良性溃疡有各种物理化学损伤引起的溃疡，反流性食管炎伴有溃疡，白塞氏病伴有溃疡，食管结核等。贲门的恶性溃疡，最常见的是食道癌、淋巴瘤。
食道贲门癌的患者，主要进行外科的手术治疗，对于淋巴瘤的患者，要进行化疗。这两种恶性溃疡的患者预后一般都比较差，都属于肿瘤的范围，因此治疗大多数依靠外科手术或者放疗。