羊水穿刺和无创DNA的区别是，在时间上，通常羊水穿刺需要在怀孕16-24周时进行。无创DNA检测需要在怀孕12-22周进行。
在操作上，羊水穿刺属于手术范畴，先行各种化验，结果正常后需要麻醉后行腹部穿刺到子宫腔抽取羊水，然后把抽取到的羊水作为检验样品进行培养和检验。
无创DNA通常只需要采孕妇的外周血检测，是比较简单方便的操作。在价格上，羊水穿刺需要有手术操作和细胞培养，故价格较高。
无创DNA的价格要低些。