小便的时候会有刺痛感的原因可能是尿路感染引起的，可以服用阿奇霉素片、盐酸左氧氟沙星片等药物治疗。也可能是急性尿道炎引起的，可以服用环丙沙星、依诺沙星、莫西沙星等药物进行治疗。
还可能是泌尿系结核引起的，可以服用异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺等药物进行治疗。建议患者去医院查明病因，对症治疗。
应遵医嘱服用药物，对以上药物过敏者禁用，用药期间如有不适，及时就医。