功能性消化不良通常是不能痊愈的，而且很容易反复发作。但可以通过药物治疗和调整生活方式来进行缓解，药物上可以使用抑酸剂或促胃肠动力的药物，常用的药有奥美拉唑、多潘立酮、健胃消食片等。
平时生活中也要调整好自身的心态，不要紧张焦虑，要保持心情愉悦，这样才能够使病情得到有效的恢复。在治疗期间要控制好饮食健康，饮食上要避免吃一些刺激性和辛辣的食物。
可以吃些酸性食物来提高食欲。平时可以多吃些新鲜蔬菜和水果，对于改善病情有一定的帮助。建议功能性消化不良患者及时就诊，积极配合治疗，以免耽误病情。