十二指肠溃疡患者可以通过使用抑制胃酸分泌药物，根除幽门螺杆菌药物，以及保护黏膜的药物，来进行综合治疗处理。比较常用的药物有兰索拉唑、奥美拉唑、尼扎替丁、雷尼替丁等。
根除幽门螺杆菌药物的使用可以起到降低溃疡复发率的作用，比较常用的治疗药物有克拉霉素、甲硝唑、阿莫西林等，使用保护胃黏膜药物，主要是减少对黏膜再次产生刺激或损害从而达到减少病痛的效果。
比较常用的药物有氢氧化铝、铝碳酸镁、碳酸氢钠等。以上用药需在医生指导下使用。