卵巢交界性肿瘤一般需要进行手术治疗，术后配合辅助的化疗、放疗等。一般发生在一侧卵巢而不是双侧卵巢。发生在一侧卵巢建议切除该侧卵巢，双侧都有肿瘤，且卵巢表面无肿瘤，可进行双侧手术，保留卵巢功能。
如果是没有生育要求的及期别比较晚无法保留生育功能的，可以按照卵巢癌进行全面分期手术。必要的情况下还需要进行辅助放化疗治疗。
辅助治疗的目的是缩小病灶。手术后要定期复查，有复发的迹象要及时治疗。