儿童慢性咽炎的根治需要先知道造成慢性咽炎的病因，根据病因对症治疗，一般是抗过敏治疗或抗感染治疗。抗过敏治疗：由于过敏造成的慢性咽炎，可在医生的专业指导下服用抗过敏药物，如氯雷他定、盐酸西替利嗪等，生活中要远离容易造成过敏的物质，加强锻炼身体，多吃富含蛋白质的食物，补充维生素，增强抵抗力。
抗感染治疗：根据病情给予全身或局部用药。特别要注意鼻腔滴药，通过鼻腔流入鼻咽部，可取得显著疗效。儿童慢性咽炎应在医生的指导下用药，因为药物易产生耐药性，会带来毒副作用。
特别是小孩的内脏器官尚未成熟，药物对内脏器官的损伤是不容忽视的，长期、大剂量服用某一种抗过敏药，不仅会使药物失效，还会出现不良反应。