引发结肠炎的病因有很多，应在四诊合参的基础上，明确发病原因，根据病因对症治疗。
1.清热解毒法：对慢性结肠炎属热证的病人适用，常用中药有:白头翁、秦皮、黄连、黄柏、黄芩、连翘、荆芥、白花蛇舌草、葛根、马齿苋、穿心莲等等。每剂药可选1～3种，不宜太多，用量也不宜过大。
2.止泻法：主要针对以腹泻为主的慢性结肠炎。能直接止泻的中药很多，应辨明证型，不可混用。按药性可细分为:清热解毒止泻，药物如葛根、马齿苋。用于热毒泄泻患者。健脾止泻，药物有淮山、莲子、芡实、薏苡仁。适用于有明显脾虚之象的患者。涩肠止泻，药物有五味子、诃子、乌梅、石榴皮。多为酸味药，各种证型的腹泻均可使用。温中止泻，药物有肉豆蔻、补骨脂。主要用于虚寒型腹泻。 患者需要到医院就诊明确病症后，听从医生的指导，选择合适的药物进行治疗，不可擅自用药。