肠道菌群失调的治疗主要包括以下方面：
1、病因治疗，如由胆囊炎、维生素缺乏、小肠蠕动过快等因素引起，应停用抗生素，针对病因进行治疗。
2、调整菌群的治疗，目前的益生菌制剂有肠道乳酸杆菌、双歧杆菌、芽孢杆菌、枯草杆菌等，通过上述治疗，多数可收到良好的疗效。
3、在饮食上建议您少量多餐，不要暴饮暴食，吃东西时，宜细嚼慢咽，以免一起吃下太多空气，而容易产气的食物也要避免食用。 平时要养成良好的生活作息习惯，保证睡眠的时间和质量，多参加有氧的户外运动。 由于患者的病情不同，具体如何用药，必须谨遵医嘱。