手足口病的传染源包括患者和隐性感染者，流行期间患者为主要传染源，以发病后1周内传染性最强，散发期间隐性感染者为主要传染源。
病毒主要存在于血液、鼻咽分泌物以及粪便中。手足口病主要是经过粪-口途径传播，其次是经过呼吸道的飞沫传播，还有和密切接触传播、口鼻分泌物以及被污染的手及其物品传播，传染性较强，患者和病毒携带者的粪便、呼吸道分泌物都含有大量的病毒。
如果接触被污染的手、日常用具、衣服等均可感染。得了手足口病应隔离治疗，防止传染他人。