脚底有小洞像虫眼主要可能是由窝状角质松解症、足癣、跖疣等原因导致，病因不同，治疗方式也不同。
1、窝状角质松解症：是细菌感染引起的皮肤病，发生于足底，可呈现为脚底有小洞的情况。触之粗糙，可融合成不规则的凹陷或糜烂面。可用水合氯化铝，去除细菌容易滋生的环境；外用抗生素涂抹，如克林霉素等，进行抗菌消炎；或外用福尔马林软膏，进行有效杀菌，可从根本上治疗窝状角质松解症。
2、足癣：水疱型足癣可在足底出现米粒大小，相互融合的房性水疱，撕去疱壁，可见蜂窝状基底及鲜红色糜烂面，剧烈瘙痒。治疗上可选择刺激性小的霜剂或水剂，如酮康唑、伊曲康唑等抗菌治疗。若合并细菌感染，可以口服抗生素，如头孢氨苄胶囊等治疗。
3、跖疣：由人类乳头瘤病毒感染人体皮肤造成，表现为足底皮损呈圆形乳头状角质增生。在脚底破皮后，可出现脚底有小洞的情况。治疗上可外用水杨酸，通过促进表皮细胞剥脱发挥治疗；若角化过度、疣状损害的皮肤病变，可选用5%氟尿嘧啶软膏；将博来霉素注射到疣体根部，可达到良好的治疗效果。 注：以上药物的使用，建议在医生的指导下使用。若脚底有小洞严重的话，建议及时到医院就诊。