胃肠间质瘤的诊断主要是依靠影像学检查和内镜检查，胃肠间质瘤是来自于胃黏膜下，黏膜表面一般光滑隆起，少部分会有黏膜溃疡，边界比较清楚。
也可以选择超声胃镜可以更明确了解病变位于胃壁的层次。另外还可以做CT的检查，可以了解间质瘤有没有向外生长，和周围的一些关系，可以做出疾病的分期。
建议患者根据自身的病情和身体状态，听从专业医生的意见进行规范的诊治。