宝宝患有疱疹性咽峡炎可以通过降温治疗、镇静止惊治疗及抗病毒药物等方式进行治疗，具体分析如下：
1、降温治疗：对于发热的宝宝，可以先通过物理降温的方式进行降温，如冷敷或用温水擦浴。当通过物理降温方式效果不好时，可口服对乙酰氨基酚或布洛芬。
2、镇静止惊治疗：如果宝宝有惊厥症状时，可服用镇静止惊药物。
3、抗病毒药物：可以通过抑制病毒DNA、RNA的合成，起到抗病毒作用，常见的药物有利巴韦林（病毒唑），可口服或静脉点滴，也可通过口腔局部喷利巴韦林气雾剂。若宝宝有疱疹性咽峡炎时，要遵医嘱服用药物，切勿自行使用，以免造成不良反应。