巧克力囊肿是子宫内膜组织的腺体和间质出现在了卵巢上。可能是因为子宫内膜部位被细菌或病毒感染，或者是多次妊娠以及流产，导致子宫内膜出现病变，以及不洁性行为等原因造成，尤其是在月经期间，可能会因为经血逆流，造成卵巢表面的部位会发生异位囊肿。
巧克力囊肿主要指是卵巢型子宫内膜异位症，由于卵巢最容易被异位内膜所侵犯。典型的特点是陈旧性血液聚集在囊腔内形成咖啡色粘稠液体，似巧克力样，俗称卵巢巧克力囊肿。
其卵巢巧克力囊肿会发生周期性出血，囊腔内压力增大，囊壁容易反复破裂，破裂后内容物刺激腹膜发生局部炎性反应和组织纤维化，导致卵巢与邻近器官、组织紧密粘连，造成囊肿固定不活动。
手术的过程中，囊壁极易破裂，这种粘连是卵巢子宫内膜异位囊肿的临床特征之一。