肛门有水泡首先考虑可能是由于慢性肛瘘，慢性肛瘘患者，外口向肛门及肛周皮肤内穿出形成脓包，自破后可流出少量的脓液或者脓血性的液体。
其次考虑可能是感染性水泡，此现象发生于肛门粘膜，还有肛门腺体的细菌感染，刺激到了上皮组织所形成的水泡。这个水泡通常比较小，水泡成血性或者淡黄色，水泡的部位有中度的疼痛感觉。
另外也考虑属于严重的水肿，当发生痔疮情况时痔核内水分比较多，这种时候呈水泡状。当患者发生肛门有水泡时，建议去医院在医生明确检查后进行治疗，不要自行在家进行处理。