咳嗽肛门疼通常是因为肛周脓肿造成的，咳嗽会导致患者腹压增大，会刺激到肛门周围脓液不断的增多，脓腔的压力比较大，所以会导致疼痛的症状。
如果患者病情进展比较快，脓液越来越多，脓腔的压力越来越大，必须要切开排脓，才可以缓解疼痛。同时还应该要注意，要针对咳嗽来进行治疗，缓解症状，同时找出咳嗽的一个病因，然后口服敏感、有效的消炎抗感染的药物，然后再配合医生口服止咳的药物来缓解症状。
患者平时要多注意休息，多喝水，建议及时到医院就医，在医生的指导下进行治疗。