目前没有证据显示磁共振对身体有伤害。但磁共振有一系列安全性问题需要注意。首先，最重要的一点就是铁磁性物品，会产生猛烈的移动，撞击人体是很危险的。
在进入磁共振检查间前，要检查患者及陪伴、搬运患者进入检查间的家属、工作人员身上是否有含有金属材质的物品，以免对电子设备产生破坏和干扰。
医用电子设备如起搏器等被电磁波干扰也会产生安全性问题，植入起搏器的患者不能做磁共振检查，不能进入磁共振检查间。磁共振检查设备内空间狭小，个别患者无法忍受，会出现幽闭恐惧症，不宜进行磁共振检查。
磁共振检查对人体没有伤害，但对特殊人群有安全性问题。