益生菌通常在一周到四周之内恢复肠功能紊乱。益生菌主要起到调节胃肠道的作用，一般经过一月左右的调理肠道功能基本可以恢复。
患者经过调理后胃肠功能好转，排便规律，可以停止使用，使用益生菌调理胃肠道后，当益生菌逐渐占据上风，人体会开始感觉到疾病的好转。
益生菌服用时，应在医生的指导下进行服用，不可自行服用，以免产生不良反应。