治疗结肠炎没有特效药，结肠炎应该根据病情的严重程度,选择最适合的药物去治疗。结肠炎分为急性和慢性两种，急性结肠炎常用药物有人工合成的黄连素片，慢性结肠炎常用药物美沙有拉嗪。
急性结肠炎多见于感染所致，最常见的就是细菌感染和病毒感染，症状包括腹痛、腹泻，甚至可以发热伴恶心、呕吐。如果是细菌性结肠炎，可以应用抗生素，如黄连素（溶血性贫血或葡萄糖-6-磷酸脱氢酶不足的患者禁用本药）。
慢性结肠炎，如溃疡性结肠炎，克隆氏病等。溃疡性结肠炎的症状表现为反复发作的腹痛、腹泻，伴黏液脓血便。常用美沙拉嗪进行治疗（对本药过敏者、肝肾功能不全、十二指肠溃疡患者以及易出血的患者禁用），必要时需要免疫抑制剂等维持治疗。
如果患有结肠炎，建议及时到医院进行相关检查，在专科医生指导下进行治疗，以免耽误病情，错过最佳治疗时机。