上完厕所肛门疼的原因通常有以下几种：
1.痔疮：痔疮当中的内痔如果发生脱出，或者外痔的部分有水肿、血栓、发炎的情况，会导致患者上完厕所以后出现肛门的疼痛。
2.肛裂：当患者的肛管直肠的位置有皮肤裂损，受到粪便摩擦刺激，可以出现刀割样或撕裂样疼痛。
3.感染：当患者患上感染化脓性质的疾病，如直肠黏膜下脓肿或是肛门周围脓肿存在，因为粪便刺激，肛门局部的压力增加，在上完厕所以后也会发生肛门疼。 建议患者及时就医，并在医生的指导下进行治疗，以免耽误病情。