生殖器官疾病挂哪个科室需要根据患者的具体疾病来决定。男性生殖器疾病主要表现为勃起功能障碍、早泄、射精功能障碍、包皮龟头炎、包皮过长、包茎、阴茎硬结症、阴茎肿瘤等，可以挂泌尿外科或者男科，女性生殖系统疾病主要表现为尿道炎症、尿道狭窄、尿道肉阜等，可以挂妇科。
如果是涉及到生育的问题，如果有些医院有生殖科，也可以去生殖科进行就诊。需要看患者具体的疾病是什么而选择不同的专科来进行就诊。