甲状腺囊肿通常情况下是不会自愈的。甲状腺囊肿大部分都是良性，如果检查甲状腺功能正常，则不需要特殊治疗。甲状腺囊肿形成原因有多个，最主要的原因常常和碘代谢有一定的关系。
 如果甲状腺囊肿长得过大了，甲状腺就在气管的两侧，这时候就会导致压迫，就会感到呼吸不畅等等。应该及时进行手术切除治疗，解除压迫症状，防止影响正常呼吸功能。
通常极少部分甲状腺囊肿可能会出现恶化的情况，如果出现恶化趋势，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。