肛瘘手术后的恢复时间由个人体质决定，因人而异，一般需1-2月左右。肛瘘术后伤口局部破损的组织和皮肤需要重新再生长，大概需1月左右。
如果体质较强，如青年人术后护理较好，无感染，恢复时间较快。如患者自身体质较弱，如老年人或合并糖尿病等全身性疾病，术后恢复时间可能会长一些，通常需2月时间，甚至更久。
术后需注意保持肛门卫生，每天进行药物坐浴并定期换药。对于挂线患者可适当牵拉挂线，促进挂线及时脱落。平时注意饮食习惯，禁食辛辣刺激食物，保持大便通畅有规律，避免便秘腹泻。
术后当天以平卧位为主，有利于压迫止血，术后可以进行适当运动，促进炎性液体引出促进切口愈合。