甲硫咪唑的副作用表现为多个方面：
1、皮肤及其附件：较多见皮疹、瘙痒、脱发、罕见剥脱性皮炎。
2、胃肠系统：恶心、呕吐、厌食、上腹部不适等症状，有急性唾液腺肿胀的个案报道。
3、肌肉骨骼系统：关节痛、肌痛。
4、血液和淋巴系统：较多见白细胞减少、粒细胞减少，较少见严重的粒细胞缺乏症、血小板减少、全血细胞减少、凝血酶原或凝血因子Ⅶ减少。
5、肝胆系统：可致肝损害，碱性磷酸酶（ALP）、丙氨酸氨基转移酶（ALT）、门冬氨酸氨基转移酶（AST）、总胆红素（T-BIL）、直接胆红素（D-BIL）、间接胆红素（I-BIL）等实验室指标升高。罕见肝衰竭。
6、神经系统：头晕、头痛、味觉紊乱（味觉障碍、味觉减退、味觉丧失）。有神经炎、多发性神经病的个案报道。 建议患者在治疗初期前3个月，每月做一次肝功能检查。肝损害多发生在治疗开始后的12周内，应提醒患者如出现厌食、恶心、上腹部疼痛、尿黄、皮肤或巩膜黄染等症状时，应立即就诊。